Komisija za študijske zadeve ima sedem članov, in sicer pet članov visokošolskih učiteljev MF in dva predstavnika študentov, ki ju v komisijo imenuje Študentski svet MF. Na ustanovitveni seji člani komisije izvolijo predsednika komisije. Po položaju so člani študijske komisije tudi predstojnik dodiplomskega oddelka, predstojnik Odseka za študij medicine in predstojnik Odseka za študij dentalne medicine. Skupno število članov študijske komisije praviloma ne presega števila deset.

Komisija pripravlja:
- predloge za spremembo in dopolnitev študijskih programov,
- spremlja izvajanje vseh  oblik organiziranega vzgojno-izobraževalnega dela visokošolskih  učiteljev MF,
- obravnava predloge  posameznih visokošolskih učiteljev za ustanovitev oz. ukinitev  katedre in posreduje svojo odločitev senatu MF,
- obravnava vprašanja s področja študijskega procesa in pripravlja gradivo v zvezi s posodabljanjem pouka ter metod preverjanja in ocenjevanja znanja študentov,
- obravnava vse druge zadeve po nalogu senata MF, ki so vezane na visokošolski študijski  program, ki ga izvaja MF,
- predlaga senatu izvajanje posameznega interdisciplinarnega študija,
- predlaga senatu pogoje, pod katerimi lahko študent, ki je za več kot dve leti prekinil študij, nadaljuje študij na MF.

Komisija za študijske zadeve na predlog ocenjevalcev študentskih nalog vsako leto odloči o podelitvi največ desetih fakultetnih Prešernovih nagrad in največ dve deli predlaga za Univerzitetno Prešernovo nagrado. Če komisija oceni, da so poleg navedenih izbranih nalog  do priznanja upravičeni tudi avtorji drugih nalog, ki so konkurirale za Prešernovo nagrado, lahko komisija vsako leto nagradi še največ dvajset dodatnih nalog s Prešernovimi priznanji v obliki knjižnih nagrad. Prešernove nagrade in priznanja prejmejo študentje MF. V primeru, da je naloga interdisciplinarna, mora biti  študent MF glavni oz. prvi avtor naloge. Komisija predlaga teme za Prešernove nagrade in imenuje poročevalce za ocenjevanje Prešernovih nalog. Isti učitelj MF je lahko v posameznem koledarskem letu mentor le pri eni nalogi. Vsako leto lahko študent MF prejme le eno Prešernovo nagrado ali eno Prešernovo priznanje.

Študentska predstavnika v komisiji za študijske zadeve za leto 2006/07 sta:
Eva Čirič in Matej Praprotnik

Komisija šteje šest članov, in sicer štiri visokošolske učitelje MF in dva predstavnika študentov, ki ju vsako leto imenuje Študentski svet MF. Po položaju sta redna člana komisije tudi predstojnik Odseka za študij medicine in predstojnik Odseka za študij dentalne medicine. Na seje komisije je vabljen tudi predstojnik Oddelka za dodiplomski študij. Skupno število članov komisije za študentska vprašanja praviloma ne presega števila osem. Člani komisije na ustanovitveni seji izvolijo predsednika komisije.

Komisija ima naslednje pristojnosti:
- rešuje prošnje študentov drugih medicinskih ali stomatoloških fakultet za  nadaljevanje  študija na UL MF,
- odloča o podaljšanju statusa študenta v skladu z veljavno zakonodajo,
- odloča o izjemnem vpisu v višji letnik, kadar študent izpolnjuje izjemne pogoje Statuta UL in tega pravilnika,
- odloča o pravicah študentov do ponovnega vpisa v isti letnik in delnega vpisa,
- rešuje vloge študentov drugih fakultet za vzporedni vpis na MF v prvi letnik in vpis diplomantov na MF,
- obravnava in daje predloge za spremembo maturitetnih meril in meril sprejemnih  izpitov srednješolcev za nadaljevanje študija na MF,
- člani komisije skupaj z dekanom vodijo informativni dan na MF ter navzočim pojasnijo podrobnosti sprejemnega postopka,
- rešuje prošnje za izjemno šesto opravljanje izpita na prošnjo študenta,
- rešuje vloge za izjemen prepis študentov MF s programa medicine na dentalno medicino in obratno.

Študentska predstavnika v komisiji za študentska vprašanja za leto 2006/07 sta:
Rok Dežman in Andraž Kamnar

Komisijo za podelitev Lavričevih priznanj sestavljajo trije visokošolski učitelji MF, dekan, eden prodekan, dva študenta petega letnika in dva študenta šestega letnika. Člane izvoli senat (visokošolske učitelje) oziroma študentski svet (študente).
Komisija dela po navodilih Poslovnika za delo komisije in Pravilnika za podelitev Lavričevih priznanj.

Študenstki predstavniki v komisiji za podelitev Lavričevih priznanj za leto 2006/07 so:
Domen Plut, Tjaša Simončič, Klemen Steblovnik in Tea Tašker

Na Univerzi v Ljubljani vodijo postopke in izrekajo ukrepe zaradi kršitev dolžnosti in neizpolnjevanja obveznosti študentov disciplinske komisije I. stopnje na članicah in disciplinska komisija II. stopnje na nivoju univerze.

Disciplinske komisije I. stopnje na članicah univerze sestavljajo po trije člani, od katerih ima vsak svojega namestnika. Predsednika prvostopenjske komisije in njegovega namestnika imenuje senat članice izmed pedagoških delavcev članice, dva člana in njuna namestnika pa imenuje študentski svet članice izmed študentov članice. Disciplinske komisije I. stopnje vedno odločajo v tričlanskih senatih.

Disciplinsko komisijo II. stopnje sestavlja pet članov, od tega predsednik in dva člana ter njihovi namestniki, ki jih voli senat univerze iz vrst pedagoških delavcev in dva člana in njuna namestnika, ki jih voli študentski svet univerze iz vrst študentov.

Mandatna doba disciplinskih komisij I. in disciplinske komisije II. stopnje je dve leti in se lahko ponovi.

Odločitev drugostopenjskega organa je dokončna in lahko študent zoper njo vlaga pravna sredstva na pristojnem sodišču.

Študentska predstavnika v disciplinski komisiji za leto 2006/07 sta:
Klemen Steblovnik in Matej Praprotnik